L'endometrio subisce cambiamenti lungo il ciclo mestruale della donna, sotto l'influenza degli ormoni ovarici. Il ciclo mestruale inizia con l'inizio della mestruazione, durante la quale avviene lo sfaldamento e l'eliminazione dell'endometrio, poiché questo si rigenererà nel corso del ciclo mestruale appena iniziato.
Nella fase proliferativa aumenta il numero di cellule nello stroma e nelle ghiandole endometriali. Questa fase si protrae fino al momento dell'ovulazione. Una volta che la donna ha ovulato, inizia la fase secrettiva per azione del progesterone. In questa fase, le ghiandole endometriali secernono sostanze che saranno necessarie affinché avvenga l'impianto embrionale.
Se non si verifica una gravidanza, l'endometrio tornerà a sfaldarsi e a essere eliminato con l'arrivo della nuova mestruazione.
