Quali svantaggi presenta la DGP?

Quei pazienti che decidono di analizzare geneticamente i propri embrioni corrono il rischio di dover annullare il ciclo perché nessuno dei loro embrioni risulta sano. Inoltre, la DGP richiede la manipolazione dell'embrione e alcuni di essi non la sopportano.

Un altro degli inconvenienti della DGP è che viene analizzata solo una cellula dell'embrione. Tuttavia, gli embrioni mosaico contengono sia cellule sane che alterate. Per questo motivo, è possibile che venga trasferito un embrione sano mosaico non vitale o viceversa.