La fecondazione in vitro (FIV), in particolare la tecnica dell'iniezione intracitoplasmatica di sperma (ICSI), può essere la soluzione per i pazienti con microdelezioni del cromosoma Y per avere figli.
Tuttavia, l'ICSI può essere eseguita solo se è possibile ottenere gli spermatozoi dal maschio (dall'eiaculato o tramite biopsia testicolare), il che è più frequente nel caso di microdelezioni nella regione AZFc del cromosoma Y.
In questo caso, è molto importante che i pazienti ricevano una consulenza genetica, poiché la prole maschile erediterà le microdelezioni del cromosoma Y paterno.
D'altra parte, nel caso in cui non sia possibile ottenere lo sperma, i pazienti con microdelezioni sul cromosoma Y possono optare per la donazione di sperma o l'adozione per diventare genitori.