Ci sono diversi motivi per cui un trasferimento di embrioni può essere annullato, sia perché non si è sviluppato alcun embrione, sia perché l'endometrio non è ricettivo.
Il rilevamento dello sviluppo embrionale può essere causato da qualche anomalia genetica nell'embrione che è stato trasferito. Per questo motivo, quando la coltura viene effettuata per un lungo periodo di tempo fino allo stadio di blastocisti, è possibile che numerosi embrioni si fermino e non continuino il loro sviluppo. Inoltre, può anche accadere che non produca la fecondazione dell'ovulo e dello sperma, quindi non ci sarebbero neanche embrioni.
Se l'endometrio non ha un aspetto trilaterale e uno spessore di 7-9 mm, si sconsiglia di eseguire il trasferimento embrionale. Queste sono le caratteristiche ideali affinché l'endometrio sia ricettivo e favoriscano l'impianto dell'embrione per dare origine ad una gravidanza.