Il processo di PISCI è simile a quello dell'ICSI, la differenza è il metodo di selezione dello sperma.
Una volta che l'uomo ha ottenuto il campione tramite masturbazione e con un periodo di astinenza di 3-5 giorni, è necessario che venga capacitato in laboratorio. Questo permette la separazione degli spermatozoi vivi dal resto dei componenti del seme, cioè il plasma seminale e gli spermatozoi morti.
Quando il campione seminale è capacitato, gli spermatozoi vengono selezionati. Questo viene fatto usando una piastra speciale in cui vengono messe gocce di una sostanza simile all'acido ialuronico (HA). Gli spermatozoi maturi, e quindi quelli con una maggiore capacità di fecondare l'uovo, rimarranno attaccati alle gocce HA e saranno facilmente identificati dal personale di laboratorio.
Infine, questi spermatozoi saranno aspirati e microiniettati nell'uovo nel solito modo.