Il trattamento chirurgico dell'endometriosi prima della FIVET/ICSI deve essere individualizzato caso per caso. La rimozione chirurgica di un endometrioma, una cisti ovarica prodotta dal tessuto endometriale, causa una diminuzione della risposta dell'ovaio operato. Questo si traduce in un minor numero di ovociti ed embrioni ottenuti, spesso con la necessità di una dose più alta di ormoni gonadotropinici e una maggiore durata della stimolazione.
Per questo motivo, le raccomandazioni della Società Europea di Riproduzione Umana ed Embriologia (ESHRE) e del Royal College of Obstetricians and Gynaecologists (RCOG) sono che la chirurgia dovrebbe essere considerata se sono presenti endometriomi più grandi di 4 cm, negli endometriomi che rendono difficile la puntura ovarica, quando c'è un rischio di rottura durante la puntura ovarica, o un rischio di recidiva di ascesso ovarico, una grave complicazione dell'infezione.
