Come per la maggior parte delle tecniche analitiche, anche la DGP ha una piccola percentuale di errore, quindi potrebbe portare a falsi positivi e negativi.
Questo dipende principalmente dalla tecnica utilizzata per l'analisi genetica. Ad esempio, la tecnica FISH permette l'analisi di un massimo di 12 cromosomi, mentre con le più recenti tecniche di sequenziamento di massa tutti i cromosomi possono essere analizzati e si ottiene un'affidabilità del 96-98%.
D'altra parte, dobbiamo anche tener conto del possibile mosaicismo (due diversi tipi di linee cellulari) causato da un errore molto precoce nello sviluppo embrionale. Oggi, grazie alla biopsia di diverse cellule della blastocisti, è possibile rilevare questo mosaicismo e ridurre la probabilità di errore nella DGP.
